Die Gesamtkosten der Krankenhäuser beliefen sich im Jahr 2012 auf 86,8 Milliarden Euro (2011: 83,4 Milliarden Euro). Umgerechnet auf rund 18,6 Millionen Patientinnen und Patienten, die 2012 vollstationär im Krankenhaus behandelt wurden, betrugen die stationären Krankenhauskosten je Fall im Jahr 2012 durchschnittlich 4 060 Euro. Wie das Statistische Bundesamt (Destatis) weiter mitteilt, waren das im Bundesdurchschnitt 2,5 % mehr als im Jahr zuvor, als die Kosten je Behandlungsfall noch bei 3 960 Euro gelegen hatten.
Die Kosten der Krankenhäuser setzten sich im Wesentlichen aus den Personalkosten von 51,9 Milliarden Euro (+ 4,8 % gegenüber 2011), den Sachkosten von 32,6 Milliarden Euro (+ 2,9 %) sowie den Aufwendungen für den Ausbildungsfonds von 1,1 Milliarden Euro (+ 2,7 %) zusammen. Weitere 1,3 Milliarden Euro entfielen auf Steuern, Zinsen und ähnliche Aufwendungen und auf Kosten der Ausbildungsstätten.
In den Gesamtkosten waren Ausgaben für nichtstationäre Leistungen in Höhe von 11,2 Milliarden Euro enthalten. Dazu gehören unter anderem Kosten für die Ambulanz sowie für wissenschaftliche Forschung und Lehre. Die Kosten der rein stationären Krankenhausversorgung lagen bei rund 75,6 Milliarden Euro (2011: 72,6 Milliarden Euro).
Die durchschnittlichen Kosten je Fall waren in Brandenburg mit 3 617 Euro am niedrigsten und in Hamburg mit 4 718 Euro am höchsten. Diese regionalen Unterschiede sind strukturell bedingt: Sie werden vom Versorgungsangebot sowie von der Art und Schwere der behandelten Erkrankungen beeinflusst. Die stärkste Kostensteigerung je Fall im Vergleich zum Vorjahr gab es in Mecklenburg-Vorpommern mit + 5,4 %, den geringsten Anstieg hatte Sachsen-Anhalt mit + 1,2 %.